El Círculo Médico de San Pedro fue creado en una Asamblea Constitutiva celebrada en las instalaciones del Hospital de San Pedro, el 27 de Mayo de 1959. En agosto del año anterior ya se había formado una Comisión Provisoria con mandato para elaborar un proyecto de estatuto, que fue el aprobado ese día.
La primera Comisión Directiva del Círculo Médico de San Pedro, estuvo compuesta por David Kurlat como Presidente, Enio Locatelli como Vicepresidente, Ivano Palladini como Secretario y Manuel Fariña como Tesorero. Los vocales fueron Luis Diez y Jorge Nocetti; y los Revisores de cuentasArmando Agulló y Hermo Zanuccoli como Revisores de Cuentas.
Desde el 14 de febrero 1974, la entidad está inscripta en la Dirección de Personas Jurídicas y desde noviembre de 1980 funciona en su sede propia de Güemes 50.
El 30 de agosto de 1984, durante la presidencia de Juan Frisch Zlatko se realizaron modificaciones al estatuto con el aval de la Asamblea Extraordinaria. Entre las reformas más importantes se aprobó la incorporación de un Vicepresidente, un Pro tesorero y un Prosecretario.